Это этимологически родственные слова, исторически они восходят к одному и тому же корню. Но в современном русском языке однокоренными эти слова уже не являются.

С исторической точки зрения слова покупка и купец восходят к одному и тому же корню, однако в современном русском языке они однокоренными не считаются. 

Поколени-е. Буква е обозначает два звука: [j] и [э]. Первый принадлежит корню, второй – окончанию. Таким образом, в этом слове выделяется корень поколениj и окончание -э.

Мягкий знак как таковой не означает звука. Поскольку он обозначает мягкость предшествующего согласного, то и относится к той же морфеме, что и согласный. В данном случае - к корню.

Да, слова сказка и сказывать являются однокоренными. Оба эти слова восходят к общему корню сказ-: сказка — жанр устного народного творчества, а сказывать — это глагол, обозначающий процесс рассказа.

Мягкий знак как таковой не означает звука, он обозначает мягкость предшествующего согласного, поэтому и относится к той же морфеме, что и согласный. В данном случае – к корню. Окончание в слове вихрь нулевое.

Вариант склонения с выпадением гласного возможен: Корня, Корню и т. д. Однако фамилии выполняют юридическую функцию, поэтому их рекомендуют склонять, сохраняя основу неизменной: Кореня, Кореню и т. д. В документах лучше придерживаться одного варианта.

Прилагательное лиловатый образовано с помощью суффикса -оват-. Здесь происходит совмещение корня и суффикса (выражаясь сухим научным языком: суффиксальный морф совмещается с финалью мотивирующей основы), т. е. ов одновременно принадлежит корню лилов- и суффиксу -оват-.

Вообще говоря, это не одно и то же: слова могут быть не однокоренными в современном русском языке, но исторически восходить к одному и тому же корню, тогда их называют родственными. Но в школьной программе нередко родственными называют и однокоренные слова.

Существительное сирота образовано от прилагательного сирый 'одинокий, осиротевший, бесприютный'. Это слово восходит к праславянской основе *sirъ, которую, в свою очередь, возводят к древнему индоевропейскому корню, таким образом, наше слово сирота родственно словам некоторых других индоевропейских языков, например лит. seirys – 'вдовец'.