Предложение построено неудачно. Вводное слово лучше опустить: Я хотел, чтобы ты стала ко мне ближе, а не отстранилась от меня. Также можно изменить порядок частей: Я хотел, чтобы ты не отстранилась от меня, а, наоборот, стала ко мне ближе.

В таком случае нужно использовать многоточие. Вопросительный знак при этом вполне возможно опустить, чтобы показать незаконченность высказывания; вопросительное слово почему в начале предложения само по себе указывает на вопрос:
— А почему тут написано, что ты ино...
— Тихо!

Такое необычное сочетание прописных и строчной букв само по себе выполняет выделительную функцию, поэтому не будет ошибкой опустить кавычки: границы названия и так достаточно хорошо видны. Но на практике это название чаще заключают в кавычки (в том числе при употреблении без слова группа).

Корректно:  Государственное бюджетное общеобразовательное учреждение «Средняя общеобразовательная школа № 55» Петроградского района Санкт-Петербурга. Однако в уставе название школы может быть написано по-другому. В других документах название воспроизводят в юридически закрепленной форме.

Полагаем, что в грамоте можно опустить первую часть наименования: обучающиеся в средней общеобразовательной школе № 55 Петроградского района Санкт-Петербурга. 

Верно: Но, Принц, такие вещи нельзя игнорировать.

Обращение обособляется независимо от позиции в тексте, поэтому оно отделяется и от начального противительного союза. Осложняющий компонент предложения (обращение) можно опустить или переместить, не нарушив синтаксической структуры предложения, ср.: Но, Принц, такие вещи нельзя игнорировать или Но такие вещи, Принц, нельзя игнорировать.

См. 4">Правила и zhizn/28618">статью А. В. Суперанской.

1. После союза однако перед подчинительным союзом запятая обычно ставится: Однако, когда мальчик бежал, он увидел, как соперник догоняет его. 2. Вводное предложение как оказалось позже не образует единства с союзом однако, его можно опустить или переставить в другое место предложения без нарушения его структуры: Однако, как оказалось позже, Арина успела на соревнования.

Да, рекомендации в словарях и энциклопедиях разнятся. Представляется разумным такой подход. Кавычки ставятся с целью предупредить неверное понимание слова, поэтому, если из контекста понятно, что речь идет о заболевании, кавычки можно смело опустить: эпидемия испанки. Если же контекст допускает разные толкования (например: в этой статье автор рассказывает об испанке), кавычки лучше поставить, они снимут неоднозначность.

Корректно: Деятельность компании регулируется региональной энергетической комиссией – департаментом цен и тарифов Краснодарского края. При этом не в официальных документах слова департамент цен и тарифов, по-видимому, можно опустить, т. к. в положении о комиссии фигурирует только первая часть названия. О том, как называть комиссию в документах, будет правильно уточнить в самой комиссии, обратившись туда напрямую. 

Рекомендация нашего «Справочника по пунктуации» состоит в том, что присоединяемые предлогом «начиная с», обычно обособляются. Обособление не требуется, если предлог «начиная с» в буквальном смысле указывает на время, дату начала чего-либо (при этом слово «начиная» обычно можно опустить). Следовательно, в данном случае правильный вариант: Все члены ряда, начиная с пятого, больше нуля.