См. в рубрике "Письмовник" на нашем портале: Особенности склонения фамилий и личных имен.
Слова в контексте «сибирской памяти» не являются уточнением, запятая перед или не нужна. Не вполне ясно, к чему относятся слова как его назвали. Возможно, их следует опустить или перенести в другую часть предложения. Повторять предлог в не нужно. Слово шире выступает в роли вводного и обособляется.
Корректно: Этот общий культурный феномен российской истории ярко проявляется в региональном контексте уральских городов или, шире, контексте «сибирской памяти».
Нет оснований для обособления слов или даже третье: Основное население городов из первого поколения мигрантов превратилось уже во второе или даже третье поколение «коренных» жителей.
Корректно: И непонятно, зачем она нужна Василию? И непонятно: зачем она нужна Василию?
Лучше: по г. Нальчику, г. Нальчика.
Правильно: жители ЗАТО г. Вилючинска.
