Запятые нужны, но обратите внимание, что дополнение в данном случае не следует отрывать от причастия. Корректно: ГУП "Ромашка", организация, подведомственная Департаменту... города Москвы, выполняет работы...
В этом предложении не требуется постановка запятой.
Правильно здесь не.
Творительный падеж мн. ч. слова горсть - горстями.
Тире не требуется.
Нет, запятая во фразеологизме не нужна.
См. раздел «Азбучные истины».
Корректно без кавычек. Слово используется в прямом значении и встречается не настолько редко, чтобы можно было назвать его непривычным, необычным. В практике письма оно обычно употребляется без кавычек.
Правильно: подход к обработке.
Стилистически фраза некорректна, начало предложения следует изменить. Возможный вариант: Все, что у них есть, — домыслы и предположения, не имеющие ничего общего с действительностью.