Верно с дефисом и без пробелов: Выпуск-2025.
В русском литературном языке существуют соотносительные пары предлогов в — из и на — с: в городе — из города, на улице — с улицы. С существительным министерство сочетается предлог в (верно в министерстве, а не «на министерстве») — соответственно, верно из министерства.
Написание с двумя прописными буквами Червонная Королева появилось под влиянием английского источника (Queen of Hearts). О проблемах написания приведенных Вами типов названий подробно рассказано в статье «Прописные и строчные буквы в собственных именах людей, прозвищах, псевдонимах, кличках: из академических правил русской орфографии» Е. В. Арутюновой, Е. В. Бешенковой, О. Е. Ивановой.
В этих случаях сочетание начиная с потеряло глагольное значение и перешло в разряд предлогов, а потому обороты с ним не обособляются: Получаете призы начиная с пятой чашки кофе; Используете начиная с натуральной базы 3. Сравним: Начиная с пятой чашки кофе свой день, я готовился к худшему (слово начиная сохраняет глагольное значение и является деепричастием).
См. «Правила».