Нужны две запятые: перед словом зачем и перед словом кто. Они ставятся между главным и придаточным предложением в составе сложноподчиненного. Третья запятая лишняя, т. к. союз и соединяет однородные придаточные предложения.

Согласно справочнику Д. Э. Розенталя «Управление в русском языке» (М., 2005), представлять из себя – разговорное выражение, представлять собой – стилистически нейтральный вариант. Таким образом, представлять собой – не единственно правильный вариант, в непринужденной устной речи допустимо сказать представлять из себя.

Корректно: Хранить в прохладном, сухом, темном, недоступном для детей месте при температуре не выше 25 °С.

Ваш муж прав наполовину. В итоге – наречное выражение, оно не требует постановки знаков препинания. А вот частица что ли обособляется. О пунктуации при этих и других словах и сочетаниях см. в «Справочнике по пунктуации».

Вы правы, от имен, оканчивающихся на мягкие согласные, отчества образуются посредством присоединения суффиксов -евич, -евна; конечный мягкий знак при этом, как правило, опускается. Но от имени Эмиль образуется отчество Эмильевич. Такое написание отчества закреплено академическим «Русским орфографическим словарем» под ред. В. В. Лопатина и О. Е. Ивановой. Как в свое время объяснял В. В. Лопатин, наличие этого исключения связано с тем, что в нашей истории было два великих Эмильевича — Осип Мандельштам и Всеволод Мейерхольд. Их отчество пишется с мягким знаком, и именно в таком написании благодаря им оно закрепилось в нашей культуре и в нашем языке.

Вы правы в том, что в приведенных примерах деепричастие учитывая употреблено некорректно. Во всех трех случаях лучше использовать условное придаточное: Если учесть, что… Но деепричастие при этом не перестает быть деепричастием. Предлог не может подчинять изъяснительное придаточное, на это способно только знаменательное слово с определенным значением.

Некорректность употребления деепричастия заключается в следующем. Действие, обозначаемое деепричастием, должно выполняться тем же субъектом, что и действие, обозначенное глаголом-сказуемым. Но сочетание не может учитывать (в первом примере), словообразование — тоже (второй пример), стратегия — тоже (третий пример). Именно несоблюдение этого правила вы ошибочно именуете «согласованием со сказуемым» (согласования в грамматическом смысле здесь нет).

1. Корректор прав. Нет причин ставить запятые после сочетаний в то же время и к тому же.

2. После а именно лучше не ставить никакого знака. Подробнее о пунктуации при этом союзе см. в «Справочнике по пунктуации».