Спорить по поводу орфографической нормы бессмысленно — ее нужно просто знать. Современные нормативные словари, в том числе и Орфографический словарь русского языка как государственного языка Российской Федерации, фиксируют только написание оперативно-разыскной. В тексте диссертации следует соблюдать орфографические нормы, однако вполне уместно будет примечание типа «в оригинале документа используется иное написание: закон „Об оперативно-розыскной деятельности“».

Если приложение стоит перед определяемым словом и написано латиницей, оно, как правило, пишется через дефис, даже если это не технический термин (например, facebook-страница).

Когда Вы принимаете решение, писать приложение перед определяемым словом или после него, ориентируйтесь на практику употребления - как чаще пишут данные слова в авторитетных источниках. Правила по этому поводу нет. Например, в случае с NTFS предпочтительно писать: файловая система NTFS.

Вряд ли можно говорить об изменении семантики данного слова – скорее, о его неправильном употреблении.Такое нередко происходит с книжными словами: говорящие стремятся украсить ими речь, но при этом плохо представляют себе значение слова. Можно привести еще один пример подобного неверного употребления: книжное слово нелицеприятный очень часто используется в значении 'недоброжелательный по отношению к кому-либо', хотя на самом деле значение этого прилагательного – 'беспристрастный'.

1. 5%-ной настойкой йода, 2%-ным раствором бриллиантового зеленого... 

2. Вакцинация позволяет в 100 % случаев предупредить смертельный исход, в 80–90 % – предупредить развитие болезни... Буквенное наращение не нужно, отбивка нужна.

3. Фиксированно-стабилизированное положение. 

4. Просунуть под мышками.

5. Полусидячее положение.

6. Наложить повязку, при кровохарканье (но при кровохаркании) – холод на область шеи...

7. Не ослаблять внимания. 

Если говорить о пунктуации, возможны два варианта: Никаких кулаков в том понимании, какое описывалось в литературе, у нас не было и Никаких кулаков, в том понимании, какое описывалось в литературе, у нас не было. Второй вариант следует выбрать, если слова в том понимании, какое описывалось в литературе имеют характер попутного замечания, дополнительных сведений.

Но плохо: «понимание... описывалось в литературе». Попробуйте перестроить фразу.

Спасибо, мы переадресовали Ваш вопрос составителям словарей. Похоже, дело в том, что ударение в этом топониме менялось на протяжении ХХ века: в прошлом в названии города ударение ставилось на втором слоге (об этом свидетельствует название речки, протекающей через город, — местные жители называют ее Вели́жкой), однако во второй половине прошлого столетия велижане стали произносить название города иначе, с ударением на первом слоге. 

С точки зрения грамматики все просто: вторая часть таких названий, представляющая собой склоняемое нарицательное существительное, должна склоняться. Это привычно для слуха.

А вот написание с пробелом действительно воспринимается плохо на фоне привычных аббревиатур и составных слов с первой неизменяемой частью - приложением. И если "АКБ Банк" можно превратить в банк "АКБ", то с названием "Газпром нефть" такая трансформация не получается (и хочется ожидать слитного написания).

Не вполне ясно, что Вас удивляет. Географические названия, выраженные прилагательными, согласуются с существительными, т. е. принимают форму того же рода, числа, падежа: станица (женский род) Прохладная, станция (женский род) Прохладная, но город (мужской род) Прохладный; улица (женский род) Коломенская, станция (женский род) «Коломенская», но проезд (мужской род) Коломенский. Что касается музея-заповедника, то его название Коломенское объясняется, тем, что когда-то на его месте было село (средний род) Коломенское.

К сожалению, с таким юридическим "разрешением" мы не знакомы.

А. Э. Мильчин в "Справочнике издателя и автора" отмечает, что "сокращение г. (город), как и полное слово, рекомендуется употреблять ограниченно, главным образом перед названиями городов, образованными от фамилий (г. Киров)".

Таким образом, правильно и общеупотребительно: Москва, в Москве. А варианты в г. Москве, в городе Москве  следует характеризовать как специфически-канцелярские (т. е. употребительные лишь в официально-деловой речи).