В начале предложения или заголовка Федеральное автономное учреждение пишется с прописной буквы, в середине предложения корректно писать строчными: федеральное автономное учреждение.
Слова главный бухгалтер пишутся строчными буквами. С прописной (большой) буквы пишутся только названия высших государственных должностей (и то не во всех случаях).
Академические правила и словарь рекомендуют написание через дефис и с прописной буквой. Ср. с другим прилагательным такой же структуры в академическом словаре.
Если это официальное название документа (пусть он пока и не принят), то правильно с прописной: Цифровой кодекс РФ (сравним: Семейный кодекс РФ).
Если нарицательные существительные в составных географических названиях употреблены не в своем собственном значении, то они пишутся с прописной: Дорога Костей, Дом Чудаков.
Да, существительное Интернет пишется с прописной буквы. Однако сложные слова с первой частью интернет-... пишутся строчными буквами: интернет-портал, интернет-проект и т. д.
Оба слова пишутся с прописной только при официальном титуловании, в остальных случаях – со строчной: папа римский Иоанн Павел II, выборы папы римского.
Интернет пишется с прописной буквы (как имя собственное – название компьютерной сети). Первая часть сложных слов интернет... пишется со строчной буквы: интернет-ресурс, интернет-провайдер.
Согласно правилам с прописной пишется только первое слово в названии. В зарегистрированном названии порядок слов следующий: Международный фонд славянской письменности и культуры.
Да, перед союзом или ставится запятая, а первое слово второго названия пишется с прописной буквы. Правильно: «Второе дыхание, или Как освежить ресторан».