При помощи сопоставления падежных форм мы определяем вовсе не одушевленность предмета, а одушевленность слова. Деление существительных на одушевленные и неодушевленные — это характеристика не окружающего мира, а особенностей грамматического поведения слов. Одушевленные и неодушевленные существительные склоняются по-разному (имеют разные формы винительного падежа), именно это мы и определяем. На основании этого грамматического деления нельзя судить о том, принадлежит ли какой-то объект сфере живого или неживого с точки зрения биологии, поскольку разграничение этих сфер отражается в грамматике неточно и в разные периоды развития языка по-разному.

Нужные словарные рекомендации есть в "Проверке слова".

С предложениями для орфографистов можно обратиться в Институт русского языка РАН:

Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт русского языка им. В. В. Виноградова РАН
119019, Москва, ул. Волхонка, д. 18/2. 
Телефон: (+7 495) 695-26-60
Факс: (+7 495) 695-26-03

Вы верно определили, что задать вопрос — аналитический глагол, то есть такое словосочетание, которое служит единой номинацией действия (ср. также вести наступление, осуществить проверку и т.п.). Такой аналитический глагол в ваших примерах является простым глагольным сказуемым, сущ. вопрос и мест. который дополнениями не являются.

Существительное — это часть речи, при выделении которой на первый план выходят грамматические признаки слов. Что же касается значения существительных, то это часть речи, которая может обозначать все, что угодно: предмет (стол), лицо (мальчик), животное (корова), признак (глубина), отвлеченное понятие (совесть), действие (пение), отношение (равенство). Объединены с точки зрения значения эти слова тем, что к ним можно задать вопрос кто? или что?. Они обладают грамматическими признаками существительного, например склоняются как существительные, способны сочетаться с определением, которое будет согласовываться с ними в роде, числе и падеже. 

С точки зрения системы современного русского языка слова «пчела» и «бык» не однокоренные. Однако исторически они восходят к одному корню и образованы от глагола  «бучать» – жужжать, мычать (по этимологическому словарю М. Фасмера). Согласно этимологическому словарю Н.М. Шанского, бык – «производное от звукоподражания той же основы, но с перегласовкой (бы – бу – бъ), что в букашка, пчела». Пчела, по тем же источникам, образована от старославянского «бъчела», восходящего к основе «бучать».

Сочетание глаз-алмаз действительно пишется через дефис. Во-первых, слово алмаз является приложением, определением к слову глаз (глаз какой? алмаз), приложения такого типа пишутся через дефис (аспирант-исследователь, писатель-произаик и т. п.). Во-вторых, сочетание глаз-алмаз близко к выражениям с повторяющейся (рифмующейся) последней частью типа танцы-шманцы, шашлык-машлык, а такие выражения пишутся через дефис. Но, поскольку задания в квизах должны быть сформулированы безупречно и с формальной, и с содержательной точки зрения, обратите внимание, что глаз-алмаз — это не одно слово, а два (в отличие от сложных слов типа диван-кровать или школа-интернат).

Действительно, вопрос нетривиальный. С читательской точки зрения, как нам кажется, лучше будет восприниматься такое заглавие: Русский (остров). Ведь в традиционном, бумажном издании читатель искал бы статью на букву "Р", значит, с нее и должно начинаться заглавие. А скобки отражают современное употребление: чаще приходится слышать сочетание остров Русский, чем Русский остров.

Напротив, такие сочетания, как Крысий остров, Большое Медвежье озеро (употребляющиеся именно с таким порядком слов), разумно писать без скобок, оставляя слова остров, озеро. Сравните: в традиционной энциклопедии – БСЭ – статья называется Большое Медвежье озеро, нет причин отказываться от такого представления заголовочного слова и в Википедии.