Корректно: ноги и все, что выше, были покрыты пятнами.

Наречие по-честному существует. Словари отмечают, что это разговорный синоним наречия честно.

Предпочтительно: было разработано несколько вариантов... Подробнее в "Письмовнике". 

Да, слова уют и ютиться (также приют) этимологически родственные (однако в современном русском языке однокоренными они не являются). При этом слово ютиться – наиболее позднее образование из этой группы слов, с искусственно, произвольно извлеченным корнем, образовано оно, по-видимому от слова приют (т. е. слово приют было воспринято как слово с приставкой при- и корнем -ют, и этот «корень» послужил основой для создания слова ютиться).

Что касается происхождения слова приют, то его этимология до конца точно не установлена. Возможно, это слово восходит к тому же древнему индоевропейскому корню, что и слово приятель, –*priio-. От этого же корня образованы многие слова со значением 'любовь; дружба, привязанность' в других индоевропейских языках.

Согласно «Большому толковому словарю русского языка» под редакцией С. А. Кузнецова, знакомить – давать кому-л. сведения о чем-л., поэтому сочетание знакомить с новостями следует считать корректным.

Слова скорее всего не выделяются знаками препинания в значении "быстрее всего": Этим путем скорее всего можно было прийти к дому (Д. Григорович).

Было не обособляется: Он пожал руку и отправился было, но повернулся и догнал меня.

Правильно: От него пахло свежестью, и было ощущение, что его недавно вымыли специальной жидкостью.

В этих событиях участвовала организация со старым названием, это старое название и должно фигурировать в письме. Но при этом нужно как-то предупредить читателя, что название было изменено.

Запятые факультативны.