Запятая нужна: здесь оканчивается первая часть сложного предложения.

Между частями этого сложного предложения наблюдается структурный параллелизм, сопровождаемый в устной речи интонационным выделением (ударением) обоих членов предложения в каждой из частей. В таких случаях ставится тире: Ты — моё, а я — твоё.

Да, знаки препинания расставлены корректно: при противопоставлении между частями сложного союза действительно ставится запятая, а внутри частей сложного предложения ставится тире для подчеркивания их однотипного построения.

И всё-таки запятая между частями сложного предложения нужна в соответствии с основным принципом русской пунктуации — структурным (синтаксическим).

Вводным сочетанием скорее всего начинается третья часть сложного предложения, соединенная со второй частью бессоюзной связью. Эта часть имеет значение причины, обоснования (отвечая на вопрос «Почему его уже не было?»), и вместо тире лучше поставить двоеточие.

Двоеточие уместно. Этот знак ставится перед прямым вопросом, включенным в состав бессоюзного сложного предложения. Часть, предшествующую вопросу, можно охарактеризовать как неполное предложение. Полное может быть таким: и все-таки я спрошу.

Указанная запятая не нужна. Правило таково.

Вводные слова и сочетания слов, стоящие на границе однородных членов или частей сложного предложения и относящиеся к следующему за ними слову или предложению, не отделяются от него запятой (вторая запятая опускается с целью указания на отнесенность вводного слова к последующей части предложения): Лось шел скачками в сторону озер, должно быть спешил на водопой (Пауст.); Послышался резкий стук, должно быть сорвалась ставня (Ч.). (Правила русской орфографии и пунктуации. Полный академический справочник / под ред. В. В. Лопатина. М.: Эксмо, 2006. § 94.)

Такая ситуация пока не описана в правилах. Полагаем, что запятую ставить не нужно. Один из факторов, отменяющих запятую между двумя частями сложного предложения, — это восклицательная или вопросительная интонация, связывающая части. Ваше предложение не содержит вопроса, не является восклицательным, но все же интонация имеет значение. Две части, соединенные союзом и, нужно прочитать слитно, без паузы, так как они образуют один компонент ряда однородных, соединенных повторяющимся союзом то. Отсутсвие запятой перед и будет подсказкой читателю, поможет правильно воспринять структуру фразы и ее интонационный рисунок. 

Запятую нужно поставить между частями сложного предложения: Всё проверили, и вот что удалось выяснить: <...>.

Проблема в том, чем является часть гипер-. Есть две точки зрения: гипер- в значении «над, сверх» относят к приставкам или считают первой частью сложного слова. Если это приставка, то перенос гипе-ринсулинемия допустим, как и гипер-инсулинемия. Ср. варианты из правил: бе-заварийный, беза-варийный, без-аварийный; ра-зоружить, разо-ружить, раз-оружить; по-дучить, поду-чить,  под-учить.

Если же гипер- – часть сложного слова, то согласную букву от первой основы отрывать нельзя, соответственно из двух приведенных вариантов правильным будет только второй.

Полагаем, что этот вариант переноса – как учитывающий морфемное членение – для длинного термина предпочтительнее: слово будет легче прочитываться. 

К сожалению (или к счастью), программы переноса пока не могут учесть все нюансы правил и сложности грамматики.