Знак препинания называется тире. Орфографический знак, соединяющий части слова, носит название дефис. Математический знак вычитания называется минус.
Правильно: под Калязином.
Да, правильно: в городе Торопце.
Правильно: из Апатитов.
Чтобы ответить на Ваш вопрос, нужно точно знать, о каком проекте идет речь. Например, если это название микрорайона, то кавычки не нужны (Город Непохожих); если название организации, то нужно написать без кавычек и второе слово со строчной буквы: «Город непохожих».
Домой – наречие.
Запятая поставлена правильно.
Вид связи здесь – примыкание (к главному слову присоединяется неизменяемое зависимое слово; связь между главным и зависимым словом осуществляется только по смыслу).
Оба варианта правильны. Подробные рекомендации см. в «Письмовнике».