Географические названия в кавычки не заключаются: город-спутник Южный.

Правильно: на три километра южнее города и в трех километрах от города. 

Да, с большой: Южный берег Крыма.

Предпочтительно склонять: в микрорайоне Южном.

По данным "Википедии", в метеорологии направление ветра указывается от точки, откуда дует ветер, тогда как в аэронавигации — куда дует, таким образом в речи синоптиков ветер южных направлений — это ветер, дующий с юга.

Правильно: карате. Это слово испытывало колебания в написании (что часто происходит с заимствованными словами в процессе их освоения языком), поэтому в словарях встречаются разные варианты. Однако академический «Русский орфографический словарь» фиксирует только написание карате.

Если речь идет не о действии, а о группе лиц, то верно: командование Южного военного округа.

Возможны варианты. 

Род несклоняемых существительных, обозначающих географические собственные имена (названия городов, рек, озер, островов, гор и т.д.), определяется по грамматическому роду нарицательного существительного, выступающего в роли родового понятия (т.е. по роду слов город, река, озеро и т.д.), например: солнечный Тбилиси (город), широкая Миссисипи (река), полноводное Эри (озеро), труднодоступная Юнгфрау (гора), живописный Капри (остров). Отступления от правила объясняются влиянием аналогии, употреблением слова в другом значении, тенденцией относить к среднему роду иноязычные несклоняемые слова на -о, например Северное Борнео.