Общее правило таково: в составе сложноподчиненных предложений запятой отделяются неполные или близкие к неполным придаточные предложения (Розенталь Д. Э., Джанджакова Е. В., Кабанова Н. П. Справочник по русскому языку: правописание, произношение, литературное редактирование. 7-е изд. М., 2010). К особым случаям, когда запятая в сложноподчиненном предложении не ставится, Ваше предложение не относится. 

В справочнике «Современный русский язык. Пунктуация» Д. Э. Розенталь, описывая более подробно пунктуацию в сложноподчиненных предложениях с неполными частями, не приводит примеров предложений с двумя неполными частями, но указывает, что при неполной главной или неполной придаточной запятая нужна. Из всего следует, что в конструкции с двумя неполными частями запятую ставить нужно.

Да, верно.

Допустимо и слитное, и раздельное написание.

Следует писать слитно.

Вариант работа в течение неполного рабочего дня предпочтителен.

Да, тире можно поставить.

Слишком обширный вопрос, невозможно ответить на него в рамках жанра "Справки". Для начала рекомендуем ознакомиться с основными трудами сторонников названных Вами теорий.

Лингвистические термины неполнота парадигмы, неполная парадигма обычно используются для описания совокупностей форм и вариантов языковых единиц или признаков языковой категории. В неполной парадигме могут отсутствовать формы словоизменения или словообразования. Например, парадигмы существительных и прилагательных могут называть неполными, если фиксируется отсутствие каких-либо форм числа, рода, падежа. В русском языке есть глаголы совершенного и несовершенного вида, у которых нет видовой пары, что может квалифицироваться как признак неполной парадигмы. Вопрос о неполных парадигмах носит теоретический характер, предполагает объемные и обстоятельные объяснения (и гипотезы), поэтому рекомендуем обратиться к тематической литературе за дополнительными сведениями.