Следует использовать кавычки разного рисунка, точка ставится только одна: Пункт 1 Договора изложить в следующей редакции: «Исполнителем Договора является ООО "Яблочко"».
Точка ставится после закрывающей скобки.
В этом предложении нужна только точка в конце, другие знаки препинания не нужны.
Сокращение тыс. пишется с точкой, сокращение млрд – без точки.