По смыслу варианты равны.
Устойчивое выражение: по разные стороны баррикады.
Запятая после «одной из сторон» не нужна.
Да, в данном предложении необходимо выделить одиночное деепричастие запятыми. Оснований для его невыделения нет.
Оба варианта корректны.
Оба варианта возможны, а что касается выбора одного из них, то заранее сделать это не получится: ни замысел автора, ни содержательные особенности конкретного текста, ни его стилистическая принадлежность не известны.