Лучше так: Финансирование составляет 3 млн рублей из федерального бюджета и 2 млн рублей из областного бюджета.
Предпочтительно без предлога: с бюджетом 5000 рублей.
Правильно: штраф в размере трех тысяч рублей.
Правильно: в размере тридцати двух тысяч пятисот рублей.
Верно: достигнув отметки в 37,51 рубля. Или: 37 рублей 51 копейку.
Существительным управляет дробная часть: 6,90 рубля (девяносто сотых рубля). Но лучше: 6 рублей 90 копеек.
Запятая не нужна.
Запятая не требуется: это обозначение единой денежной суммы.