Запятые нужны.

Запятая в обоих случаях нужна. Расхождение в ответах могло быть связано с недостаточно четким описанием подобных пунктуационных ситуаций в правилах. Однако руководствоваться следует такой рекомендацией: пояснительные члены предложения (в том числе определения), вводимые союзами или, то есть, следует обособлять. Ср. с таким примером Д. Э. Розенталя: Отметим два вида возбуждающей, или входной, функции. Ответы на вопросы № 292575, 290853 уточнены. 

Необходима прописная буква, например: Нью-Йоркский музей современного искусства, Алма-Атинский заповедник (официальные названия).

Запятая перед сибирская не нужна.

Самый распространенный случай использования прилагательного, образованного от этого топонима, — в названии Бо́гдинско-Баскунча́кский заповедник. В этом названии ударение в прилагательном падает на первый слог. Представляется разумным и в других случаях использования прилагательного сохранять ударение на первом слоге.

Написание зависит от того, относится ли отрицание не ко всему сочетанию (тогда надо писать раздельно) или только к прилагательному (тогда слитное написание корректно). Ср.: это не нефтегазовый регион, а природный заповедник и правила одинаковы для всех регионов – нефтегазовых и ненефтегазовых.

Между частями оборота ешь / пей / бери... не хочу  может ставиться тире, но чаще оно стоит перед оборотом, а не внутри его. Например: Звери, забыв вековечные страхи, // С твердою верой, что все по плечу, // Шкуры рванув на груди как рубахи, // Падают навзничь – бери не хочу! (В. Высоцкий, Заповедник).

Ваши рассуждения верны: определения прекрасные и заповедные действительно характеризуют место с разных сторон: красота и труднодоступность. Они не являются однородными и не разделяются запятой. Но запятую всё-таки можно поставить — если рассматривать заповедные как пояснительное определение к слову прекрасные (прекрасные, а именно заповедные, т. е. красота мест обусловлена их нетронутостью). Такое пунктуационное оформление предполагает и соответствующую интонацию.

Официальное название заповедника – Столбы. Слово красноярские не является частью наименования, поэтому пишется строчными: красноярские Столбы.

Возможно, в одном из этих значений:

2.
Направление в строительстве; характер, стиль постройки. Романская а. Дом готической архитектуры.
3. собир.
Здания, сооружения. Деревянная а. заповедника не пострадала.