Фраза составлена неверно. Подобрать наиболее правильный вариант можно, только зная контекст.
Эти слова, конечно, восходят к тому же корню, что и чудо. Они не являются полными синонимами. У слова чудовище три значения: 1) страшное сказочное существо (чудовище о трех головах); 2) о том, кто (что) вселяет страх, ужас (доисторические чудовища); 3) о человеке низких, отталкивающих моральных качеств. Слово чудище синонимично слову чудовище в первых двух значениях (ср.: чудище о трех головах, доисторические чудища), а вот его третье значение – о человеке чрезвычайно некрасивом, нелепо выглядящем, странном (где ты познакомилась с этим чудищем?)
Таким образом, эти слова различаются в одном из переносных значений, кроме того, неодинакова и их стилистическая окраска: слово чудище разговорное.
1. Правильно: история российского флота (но при официальном наименовании: история Военно-Морского Флота РФ).
2. Кавычки не требуются.
Оба варианта возможны.
Верное управление: дан старт чему. Однако со словом университет сочетание неудачно.
Это так называемое эллиптическое предложение (самостоятельно употребляемое предложение с отсутствующим сказуемым). В таких предложениях при наличии паузы ставится тире, при отсутствии паузы знак не нужен.
Запятые при уточнении поставлены корректно.
Обычно используют выражения дать старт (чему-либо), но положить начало (чему-либо).