Если Иванов является директором, то нужно поставить запятую.
Верно: на совещании предлагается рассмотреть вопрос об итогах деятельности компании в 2016 г. и выполнении плана мероприятий...
Сочетание плательщик ЕНВД является приложением. Если оно имеет уточняющее или поясняющее значение и произносится с соответствующей интонацией, то его необходимо обособить запятыми или тире. Если же сочетание предприниматель – плательщик ЕНВД – составная номинация (ср.: уменьшает налог кто? предприниматель-плательщик, плательщик чего? ЕНВД), то дефис заменяется на тире.
Ср.: Источник силы от матери — родной земли представляется для всех источником важным и целебным. (Правила русской орфографии и пунктуации. Полный академический справочник / Под ред. В. В. Лопатина. М., 2006.), На совещании министров иностранных дел стран — членов Организации американских государств выступил министр иностранных дел Кубы (Розенталь Д. Э. Справочник по русскому языку. Пунктуация. М., 2004).
Верно: вопрос о выполнении решения, принятого на оперативном совещании; вопрос о ходе оперативного совещания.
Вот правило: после однородного члена предложения, присоединяемого союзом а также или а то и, запятая не ставится, т. е. он не обособляется. См. справочник Д. Э. Розенталя «Пунктуация» (ditmarelyashevich/spravochnikporusskomuyazikupunktuaciya/read3/" target=blank>пункт 7 на этой странице).
Предложение построено верно.
Верно: обсуждали на круглом столе (= на мероприятии, на совещании), обсуждали за круглым столом (а не за квадратным).
Протокол не может принять никаких решений. Можно сказать: В протоколе были зафиксированы (отмечены) решения, принятые на совещании.
Предпочтительная форма сказуемого: присутствовала.