Шарлотка - это и есть яблочный пирог (пирог с яблоками). Верно: Настя испекла шарлотку.

В полном официальном названии первое слово нужно написать с прописной буквы: Институт медиа, архитектуры и дизайна «Стрелка», Научно-технологический университет «Сириус». В сочетаниях второго типа первое слово воспринимается как родовое, а не как часть названия, поэтому корректно: институт «Стрелка», университет «Сириус».

Фамилию Чипилка надо склонять, ее несклонение – грамматическая ошибка. Это плохо и для самого автора, ведь именительный падеж фамилии должен выводиться из косвенных падежей. Фразу стихи А. Чипилка можно понять так: автор стихов – А. Чипилок (мужчина).

Часовая стрелка — устойчивое сочетание для обозначения одной стрелки, указывающей часы, а не минуты. Поэтому в Вашем случае верно только: стрелки часов.

Определения являются однородными и разделяются запятыми, если стоят после определяемого существительного (в этом положении каждое из определений непосредственно связано с существительным и имеет одинаковую смысловую самостоятельность). Вот аналогичные примеры: Я видел женщину молодую, прекрасную, добрую, интеллигентную, обаятельную (Ч.); Я буду тогда обладать истиной вечной, несомненной (Т.).

Исключениями являются терминологические сочетания, например: астра ранняя махровая.

Это зависит исключительно от того, что требуется в задании.

По правилам эта запятая факультативна, но в данном случае ее лучше поставить, чтобы предложение воспринималось проще.