Правильно: в Саратове, в городе Саратове.
Запятая не требуется.
См. вопрос 275224.
Слово город избыточно, лучше обойтись без него: в Москве и Казани (и так понятно, что это города). Если по каким-либо причинам без слова город обойтись нельзя, то корректно: в гг. Москве и Казани.
Возможен вариант с двумя тире: Главный герой – Евгений Базаров – учится на доктора.
См. в «Письмовнике».
Запятые не нужны.