Если родовое слово компания опускается, то склонять слово центр можно и нужно: специалисты "Центра КИС".
Верно: в многофункциональный.
Написание со строчной: российский рубль, американский рынок. В составе собственных наименований, в названиях учреждений, организаций, обществ пишется, как правило, прописная: Российская академия наук, фильм «Американский пирог».
Сейчас рекомендуется во всех случаях писать: приумножить, приумножение. См., напр.: Русский орфографический словарь РАН / Под ред. В. В. Лопатина, О. Е. Ивановой. – 4-е изд., испр. и доп. – М., 2012.
Предлагаем вариант: Мы ценим долгосрочное и плодотворное сотрудничество, главными условиями которого считаем надежность партнеров и выполнение обязательств.