Допустимы оба варианта. См. в «Письмовнике».
Запятая не нужна.
Можно писать без кавычек: опубликован длинный список финалистов премии; в короткий список финалистов вошли... Можно также написать шорт-лист, лонг-лист.
Вместо "ее согласовать" следует написать "согласовать программу".
При существительных женского рода, зависящих от числительных два, три, четыре, определение, находящееся между числительным и существительным, чаще стоит в форме именительного падежа множественного числа: две (три, четыре) картонные коробки. Но и вариант две (три, четыре) картонных коробки возможен, это не ошибка.