Ваш вариант пунктуации возможен. Обратите внимание: современной норме соответствует дефисное написание слова естественно-научный.
Возможно как слитное, так и раздельное написание. При слитном написании утверждается нереальность, при раздельном – подчеркивается отрицание (отрицается реальность).
Корректно: ...это давно уже не миф, а реальность.
По основному правилу тире не требуется. Автор текста может поставить интонационное тире.
Слово Первопрестольная (о Москве) пишется с большой буквы.
Это сложноподчиненное предложение (сложное, с подчинительной связью между предикативными частями).
Объективная реальность – действительность; все то, что существует; весь материальный мир, существующий независимо от человеческого сознания и первичный по отношению к нему.
В этом предложении запятые не нужны.
Пунктуация верна.
В этом примере скорее не требует выделения.
