Обстоятельственный оборот с производным предлогом на основании (чего-л.) не требует обособления. Обратите внимание, что во второй части сложного предложения причастие нужно поставить в форму творительного падежа, поскольку оно зависит от глагола считает, восстанавливаемого из первой части: Истец не согласен с доводами апелляционной жалобы, считает вынесенные решения законными и обоснованными, а жалобу — не подлежащей удовлетворению на основании следующего.
Правильно: Ваша жалоба обоснованна. Здесь обоснованна - краткое прилагательное, пишется с двумя Н.
Лучше: Сколько процентов подавших жалобу удалили программу?
Возможны оба варианта, слово низкий здесь не лишнее.
Возможный вариант: Если Вы настаиваете на рассмотрении Вашей жалобы, срочно пришлите в суд недостающие документы.