Верно написание строчными буквами, без кавычек.
Ко всему прочему - вводное выражение, то же, что «кроме всего прочего, наконец». Выделяется знаками препинания, обычно запятыми.
Людям было неудобно, жарко, ко всему прочему, самого старого, совершенно седого генерала с планкой четырех орденов Красного Знамени и знаком «Почетный чекист» на габардиновом кителе в душновато-спертом, пахнувшем сеном воздухе стодолы сразу же охватило астматическое удушье. В. Богомолов, Момент истины.
В функции членов предложения эти слова не требуют постановки знаков препинания.
Вообще не сообразишь, за каким краем света находишься: ясно только, что вверх ногами ко всему прочему человечеству. М. Веллер, Ножик Сережи Довлатова. Но женщина бывает сострадательна, нежна, честна, справедлива только с тем, кого любит, и безжалостна ко всему прочему. И. Гончаров, Обрыв.
Слова «ко всему прочему» в значении «кроме всего» выделяются знаками препинания непоследовательно, ср.: Но еще ко всему прочему знаете что я подумал перед самым мгновением этим?.. Ю. Герман, Дорогой мой человек.
Все эти звания пишутся строчными буквами.
Сказуемое в приведенном Вами предложении согласуется с подлежащим человек, а это слово мужского рода (даже если относится к женщине). Правильно: ушел из жизни замечательный человек... Но ср.: ушла из жизни Иванова – замечательный человек...
Правильно: почетный член Императорской академии наук.
Фраза некорректна. Нельзя принять в граждане кого-либо; кроме того, гражданин – лицо, которое принадлежит к постоянному населению какого-либо государства, т. е. правильно: гражданин какого-либо государства (сочетание гражданин города употребляется лишь в звании почетный гражданин города). Возможно: студенты стали гражданами такого-то города, если речь идет о каких-то средневековых вольных городах – государствах, в противном случае корректно употребление слова жители: студенты стали жителями такого-то города, вошли в число жителей города.
Правильно со строчной: почетный гражданин Санкт-Петербурга.
Корректно со строчных.
С родовым словом это название не склоняется. Подробно см. в Письмовнике.