Можно лишь строить догадки, почему во фразе использовано причастие настоящего времени угрожающее. Если описываются произошедшие события в их хронологической последовательности, то очевидно, что случившемуся после предшествовало случившееся до, а значит, у двух причастий должны соединяться грамматические признаки времени. Все это, на наш взгляд, доказывает то, что действие, повлёкшее тяжкие последствия, следовало назвать угрожавшим.

Оба варианта возможны.

Оба варианта правильны. В словарях отмечается, что прилагательное особый и особенный синонимичны друг другу. То же касается и образованных от них наречий на -о. Отметим при этом, что наречие особо чаще используется в официальных текстах.

Запятая после союза хотя не нужна. 

Случаи, когда написание, принятое в официальных документах, отличается от зафиксированного в словарях русского языка, не редкость. Академический «Русский орфографический словарь» (4-е изд. М., 2012) фиксирует слитное написание: особоохраняемый.