Да, предлог на протяжении во всех случаях пишется с буквой и.
Для постановки тире нет оснований.
Предложение построено неудачно. Возможный вариант: Мой муж на протяжении четырех месяцев появляется дома лишь поздно вечером, когда я уже сплю.
Между частями бессоюзного сложного предложения, в котором вторая часть поясняет первую (в частности, слово больше в первой части), ставится двоеточие: Я тебе больше скажу: он врал тебе на протяжении всей поездки. Вместо двоеточия допустимо тире: Я тебе больше скажу — он врал тебе на протяжении всей поездки.
Правильно: работал сутками напролет.