Правильно: МИД направил ноту.
В образцовой литературной речи предпочтительно: глава МИД. В разговорной речи возможно: глава МИДа.
Правильно: МИД объявил, ФСБ объявила.
Аббревиатура МИД традиционно употребляется как существительное мужского рода. Аббревиатура ООН - существительное женского рода.