Правильно: в городе Самаре, в город Самару. Подробнее см. в «Письмовнике».
В современном русском языке в слове заползать выделяется корень -полз-.
В «Справочнике по правописанию и литературной правке» Д. Э. Розенталя, в пособии Ю. А. Бельчикова «Практическая стилистика современного русского языка», а также в «Словаре географических названий» А. В. Суперанской указано, что такие названия не склоняются в сочетании с родовым словом: в городе Старый Крым, из города Великий Устюг, в городе Старый Оскол, над городом Лодейное Поле. В то же время «Словарь грамматических вариантов русского языка» Л. К. Граудиной, В. А. Ицковича, Л. П. Катлинской указывает, что в топонимах, выраженных сочетаниями слов, части наименования должны склоняться: в городе Вышнем Волочке, однако в разговорной и профессиональной речи распространился и укоренился несклоняемый вариант: под городом Вышний Волочек, в поселении Долгий Мост.
Поэтому рекомендуем несклоняемый вариант: в городе Верхняя Пышма.
Если род обобщающего нарицательного слова и топонима не совпадают, то топоним склонять не следует: город Лозовая — в городе Лозовая.
1. Запятая нужна. 2. Тире факультативно.
См. в «Письмовнике». Правильно: городу Ухте.
Возможны оба варианта.
