Правилен первый вариант.
Правильно: Подать ходатайство председателю комиссии.
Трудно судить о корректности фразы без контекста. Если от него абстрагироваться - да, такое сочетание может иметь место.
Возможные варианты: рассмотреть на заседании комиссии и рассмотреть комиссией. В первом случае выражается мысль о том, каким образом будет рассматриваться некий вопрос, в во втором — кем будет рассматриваться.
На наш взгляд, оба варианта не вполне корректны. Возможный вариант: нет комиссии за пользование мобильным кошельком.
Правилен второй вариант. О согласовании подобного типа подробнее можно прочитать в «Письмовнике».
Слово наконец-то, которое само по себе не требует обособления, относится к обеим частям предложения, поэтому запятая перед союзом и не нужна.
В строгой официально-деловой речи верно: Заседание открыл и ведет заместитель председателя Комиссии Иванова И. И.