Бали может использоваться как существительное мужского и среднего рода. Мужской род – по слову остров, средний род – по внешнему фонетическому облику названия.
Нет, это не омонимы. В сочетании красный командир прилагательное изменило свое значение.
Нужно убрать один красный карандаш, синий оставить.
Корректно: на тыльной стороне ладоней.
Пишутся раздельно сочетания с частицей таки, предшествующей слову, к которому она относится (обычно сказуемому): Однажды я таки посетила бассейн. Ср.: Однажды я посетила-таки бассейн.
Необходимости заключать это сочетание в кавычки нет.
Сруб бани, сруб для бани - корректно. Сруб на баню - менее употребительно.