Да, запятые поставлены правильно.
Верно написание с большой буквы.
1. Возможно, если название конференции «Ежегодная конференция по...». 2. Верно: темы дискуссий.
Правилен первый вариант. Определение должно согласовываться с определяемым словом, а не с приложением при нем. Чтобы избежать грамматической неловкости, можно перестроить предложение.