К сожалению, школьный учебник, ставя перед собой задачу изложить правило кратко и однозначно, терпит неудачу, потому что в настоящем (а не школьном) русском языке однозначность здесь невозможна.
На самом деле логика в правиле есть, и она очень простая. В научных трудах по современной русской орфографии сейчас говорится так: не с качественными прилагательными и производными наречиями в позиции сказуемого пишется слитно или раздельно в зависимости от намерений автора выразить утверждение (слитное написание) или отрицание признака (раздельное написание).
Правильным будет написание девочка не красивая, девочка не красива, если можно подставить слова, подчеркивающие отрицание: девочка (отнюдь) не красивая, девочка (отнюдь) не красива. Например, если автор возражает кому-то, кто утверждает, что девочка красивая, он тем самым делает акцент на отрицании и пишет раздельно.
Правильным будет написание девочка некрасивая, девочка некрасива, если можно подставить слова, подчеркивающие утверждение: девочка (очень) некрасивая, девочка (весьма) некрасива. Если автор хочет подчеркнуть эту особенность внешности девочки, он напишет слитно.
Таким образом, окончательное решение о слитном и раздельном написании на самом деле принимает пишущий, который должен отдавать себе отчет в том, что́ он хочет выразить: отрицание признака — и тогда написать не отдельно от следующего слова или утверждение признака — и тогда написать не слитно. Это решение может быть принято только в условиях контекста.
Вы правы, определения неоднородны. Прилагательное вафельные относительное, а качественные прилагательные хрустящие и тонкие характеризуют предмет с разных сторон — текстуры и толщины соответственно.
Краткие формы образуют только качественные прилагательные, причем далеко не все. Говоря о кратких формах качественных прилагательных, мы имеем в виду, что эти краткие формы: а) имеют окончания не прилагательных, а существительных (добр-Ø как стол-Ø, добр-а как стен-а и т. д.), б) изменяются по родам и числам, но не по падежам, в) выступают в роли сказуемого, но не определения. Таких кратких форм, взятых в совокупности названных признаков, у притяжательных прилагательных, как и у относительных, нет.
Однако если под краткостью понимать только первый из названных признаков, то следует указать, что в парадигме склонения притяжательных прилагательных объединены краткие и полные формы. К притяжательным прилагательным относят прилагательные с суффиксами -ин, -ов, -ий ([-й-]) и нулевым окончанием в начальной форме: мам-ин-Ø, отц-ов-Ø, лис-ий-Ø. В формах именительного и винительного (когда он совпадает с именительным) падежа всех родов и чисел эти прилагательные имеют окончания существительных, а не прилагательных, то есть краткие формы. То же касается форм родительного и дательного падежа мужского и среднего рода единственного числа прилагательных с суффиксом -ов: нет отцов-а сундук-а (ср. форму относительного прилагательного с другим окончанием: отцовск-ого сундук-а).
Детский — относительное прилагательное (в некоторых контекстах оно может быть качественным, сравним пример из словаря: Дед принял наш подарок с совершенно детской радостью). О различиях относительных и притяжательных прилагательных см. ответ на вопрос № 321794.
Отглагольные прилагательные не образуют отдельной группы, а относятся к разряду относительных или качественных в зависимости от типа значения.
Хвойный и лиственный — это относительные прилагательные.
Невыносимый — качественное прилагательное, оно пишется слитно с не.
Не образуется краткая форма от качественных прилагательных, которые:
1) имеют характерные для относительных прилагательных суффиксы -ск-, -ов-/-ев-, -н-: коричневый, кофейный, братский;
2) обозначают масти животных: каурый, вороной;
3) имеют суффиксы субъективной оценки: высоченный, синенький.
Запятые нужны: в этом предложении определения, выраженные качественными прилагательными, имеют общий признак «хорошие», объединяются сходством производимого впечатления, а потому являются однородными.
Лучше так: повышение уровня качественных публикаций.