Рекомендации справочных пособий разнятся. «Словарь грамматических вариантов русского языка» Л. Граудиной, В. Ицковича, Л. Катлинской предлагает не склонять названия пустынь в сочетании с родовым словом. В то же время «Словарь географических названий» А. В. Суперанской рекомендует в такой же ситуации изменять по падежам названия пустынь женского рода: в пустыне Сахаре. Однако на практике чаще встречается несклоняемый вариант: в пустыне Сахара.
Правильно: Западные Малые Зондские острова.
См. в Горячей десятке вопросов.
Верно: христианство, западная культура, западноевропейские страны.
Правильно: в городе Самаре, в город Самару. Подробнее см. в «Письмовнике».