Оба варианта возможны. См. подробно в «Письмовнике».
Правильно: в глазу, на глазу.
Верно: зрение на левом глазу.
Правильно: на глаза навернулись слезы.
Верно: Глаза как две маленькие пуговки. (Если это предложение целиком, запятая не нужна.)
Корректно: закапать (лекарство) в нос, в глаза...