Оба варианта возможны. Глагол побыть обычно требует после себя формы творительного падежа (побыть одинокой, побыть студентом, побыть счастливой). Но в сочетании с числительным один употребляется и другой вариант: я хочу побыть один (одна).
Наречие наедине может быть употреблено без поясняющих слов, но более широкий контекст все равно покажет, что речь, например, идет о двух (как минимум) персонах; ср.: их разговор наедине; они долго молчали, оставшись наедине. У этого наречия основная смысловая задача — отметить чье-либо единение и уединение. Поэтому обычно и подразумеваются, и упоминаются два (или более) «участника» описываемой ситуации. Если используется фраза мне нужно побыть наедине, то очевидно, что слушателю или читателю понадобятся пояснения: что значит — наедине? с кем наедине?
Придаточная часть отделяется от главной с помощью запятой: Он даже на работу отказался ехать, лишь бы побыть рядом с сыном.
См. ответ на вопрос № 281220.
Возможны оба варианта, но они имеют разное значение. Выпить молока значит "выпить какое-то количество молока", выпить молоко значит "выпить все молоко, которое было".