Слово поэтому никогда не является союзным словом. Оно всегда является указательным местоименным наречием. Союзными словами могут служить относительные местоимения (те же, что и вопросительные, но без функции вопроса). Указательные местоимения никогда не превращаются в союзы. Они могут входить в составные союзы, но с обязательным участием относительных местоимений (потому что, оттого что...).
Оба примера, приведенные в вопросе, — сложные бессоюзные предложения (второй пример можно рассматривать и как простое, осложненное однородными сказуемыми).
Проверять, почему указательные местоимения и местоименные наречия не являются союзами, излишне. Нужно просто понимать: первичным средством подчинения одного предложения другому были как раз относительные местоимения. Многие подчинительные союзы именно к ним и восходят (что, как, когда...). А вот указательные местоимения никогда такой функцией не обладали. Образование составных союзов вроде потому что, с тех пор как, до тех пор пока, несмотря на то что и мн. др. — дело сравнительно позднего времени, в древнерусском языке таких союзов еще не было.
Впрочем, для того чтобы убедиться в том, что перед нами не союз, достаточно проверить, не является ли слово членом предложения. Поэтому — это всегда обстоятельство причины, к нему всегда легко задать соответствующий вопрос.
Существует сложившаяся грамматическая традиция рассматривать отрезок -фикация как вторую часть сложных слов (см. например «Большой толковый словарь русского языка» под ред. С.А.Кузнецова: https://gramota.ru/poisk?query=фикация&mode=slovari&dicts[]=42 ), а -и- — как соединительную гласную (см., например, «Правила русской орфографии и пунктуации» В. В. Лопатина, § 66: https://gramota.ru/biblioteka/spravochniki/pravila-russkoy-orfografii-i-punktuatsii/bezudarnye-soedinitelnye-glasnye).
Отрезок -фик- является заимствованным связанным корнем, который не употребляется без суффиксов, встречается только в сложных словах, является вторым компонентом этих слов. Слово образовано от глагола электрифицировать с помощью суффикса -аци[j]- с чередованием в корне к // ц, ср.: газифиц-ирова-ть→ газифик-аци[j-а]. В процессе словообразования происходит усечение суффикса производящей основы -ирова-. В словаре А. Н. Тихонова слова со связанными корнями рассматриваются как непроизводные с точки зрения синхронических процессов в языке, поэтому анализ структуры некоторых слов расходится с другими источниками.
Термин «наращение» используется в тех случаях, когда при слово- и формообразовании (словоизменении) в финальной части производной основы возникают изменения, которые невозможно описать, используя понятие «суффикс», так как возникающие отрезки не имеют значения. А суффиксы, как и все остальные морфемы, обязательно должны обладать значением.
Есть два возможных толкования интересующего вас явления:
1) Отрезок -ер- — это асемантическая вставка (интерфикс) между корнем и окончанием (не морфема!).
2) Пары мат’-/матер-, доч-/дочер — это варианты (алломорфы) одного корня, возникающие при изменении этих слов (при образовании форм числа и падежа).
Для того чтобы — составной подчинительный союз. Придаточные предложения, присоединяемые союзом для того чтобы, выделяются (или отделяются) запятыми. При этом союз может целиком входить в придаточную часть (и не разделяться запятой), но может и расчленяться (в этом случае запятая ставится между частями союза, перед словом «чтобы»). О факторах, влияющих на расстановку знаков препинания, см. в Справочнике по пунктуации.
На границе частей сложного предложения запятая ставится: ...нужно, чтобы...
В то время как — составной подчинительный союз. Он может целиком входить в придаточную часть (и не разделяться запятой), но может и расчленяться (в этом случае запятая ставится между частями союза, перед словом «как»).
Если придаточная часть сложноподчиненного предложения стоит перед главной, запятая между частями союза в то время как обычно не ставится (постановка запятой допустима, но такое пунктуационное оформление считается устаревшим).
Таким образом, наличие запятой в первом предложении (из Чехова) связано с тем, что таковы были пунктуационные нормы прошлого. Не будет ошибкой написать это предложение и без запятой перед как.
Слова растереть и истоптать не синонимы, однако однокоренные с ними глаголы могут входить в состав синонимичных образных выражений. Например, стереть в порошок и затоптать ногами в значении "жестоко, беспощадно расправиться с кем-либо".
Сравнительный оборот может входить в состав сказуемого, а потому не обособляться. Здесь именно такой случай.
Слово падь нужно писать со строчной буквы, если оно используется в соответствии со своим прямым географическим значением и называет межгорное понижение, ущелье, глубокий овраг, долину. В этом случае слово падь обычно не входит в название, а только сопровождает его. Так, в Иркутской области Государственным каталогом географических названий зарегистрирована Еловая падь.
Однако возможно и другое написание. Слово падь становится частью названия и пишется с заглавной буквы, если названный объект определяется не как падь, а иначе. В Сибири и на Дальнем Востоке много урочищ, название которых состоит из прилагательного и слова Падь, например урочище Васина Падь (Бурятия). Более очевидные случаи — названия рек, ручьев, гор, озер, например: река Гладкая Падь, гора Крутая Падь (Бурятия), река Березовая Падь, ручей Долгая Падь (Иркутская обл.).
Подробнее проблема написания географических терминов, которые могут входить в состав географического названия, описана в правиле употребления прописных и строчных букв, разработанном в рамках подготовки полного академического описания русской орфографии (см. § 1, примечание 3).
В Вашем примере слова как обычно могут входить в состав сказуемого и не обособляться: Сначала будет за продукт, а потом как обычно — процентная, исходя из стоимости заказа. Но должны сказать, что предложение построено небезупречно, рекомендуем сформулировать яснее.
Слово соавтор может входить в оба типа сочетаний: чей-либо соавтор (соавтор кого-либо) и соавтор чего-либо. Таким образом, верно и соавтор Петра, и соавтор книги. Также возможен вариант: соавтор Петра по книге.
