Мужская фамилия, заканчивающаяся на согласный, должна склоняться, поэтому правилен первый вариант.
Фамилия Рахматиллозода склоняется: выдан Рахматиллозоде.
Фамилия Бакерия склоняется. Правильно: аттестат выдан Бакерии.
Правильно: аттестат о среднем образовании, аттестат зрелости (устар.).
Имена и фамилии, оканчивающиеся на -е, -о, не склоняются. Правильно: аттестат выдан Муйибулло Рахматиллозоде.
При наличии родового слова такие наименования следует заключать в кавычки, но писать со строчной буквы: увидел символы "инь-ян", "уроборос" и "волчий крюк". И мы бы не рекомендовали игнорировать родовое слово, так как без него смысл текста окажется не вполне понятным.
Судя по всему (хотя предложение не приведено полностью), в данном случае есть три однородных члена предложения, перед каждым из которых, кроме первого, повторяется союз или. Если это так, то корректно следующее пунктуационное оформление: ...аттестат об основном общем образовании, или аттестат о среднем общем образовании и приложение к нему, или справку об обучении из организации. Сравним пример из параграфа 13.6 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя: Иные хозяева вырастили уже вишни, или сирень, или жасмин (Ф.).
Правильно: Полонику Алексею, Заяцу Сергею или (если таково желание носителя фамилии) Зайцу Сергею. Несклонение этих мужских фамилий неправильно.
