В формах именительного и винительного (когда он совпадает с именительным) падежей главным словом является количественное числительное, синтаксическая связь — управление. В формах косвенных падежей (включая винительный, когда он совпадает с родительным) главным словом является существительное, синтаксическая связь — согласование.
Слово прокуратура следует писать со строчной буквы, поскольку оно означает вид государственного органа и не является именем собственным.
Здесь проблема не в пунктуации. Предлог включая и союз в том числе обозначают одно и то же, их совместное употребление в предложении избыточно. Кроме того, хотя приведено только начало предложения, можно предположить в нем речевую недостаточность: прежде чем выделять какую-то часть из целого с помощью союза в том числе или предлога включая, нужно назвать это целое, сравним: Прошу направить информацию о компаниях, в том числе об ООО «Ромашка» / включая ООО «Ромашка».
В кириллической записи это название не встречается — ни в Яндексе, ни в Национальном корпусе русского языка. Поэтому возможны разные записи этой неустоявшейся номинации, включая и те три, которые приведены Вами. Только, судя по всему, это нарицательное понятие (многоразовая первая ступень сверхтяжелой ракеты-носителя), поэтому прописная буква, по-видимому, не нужна. На данном этапе эту номинацию нельзя считать заимствованием, поэтому и кириллической записи у нее нет.
Слово карелы является корректным и общепринятым для обозначения коренного финно-угорского народа, проживающего в Республике Карелия и некоторых других регионах России. Слово карельцы не является этнонимом, оно иногда используется в разговорном русском языке для обозначения всех жителей Республики Карелия, вне зависимости от их этнической принадлежности. С точки зрения этнографии и официальной терминологии карелы — это именно коренной народ, а карельцы — более широкое, неофициальное обозначение жителей региона, включая представителей разных национальностей, проживающих в Карелии.
Да, правильно слитное написание уранбериллиевый. По аналогии с зафиксированными в словарях прилагательными уранграфитовый, уранванадиевый, уранмолибденовый, уранплутониевый и другими слово уранбериллиевый следует писать слитно.
Предпочтительно не склонять: в городе-государстве Вавилон, в полисе Спарта. Географические названия, включая городские и административные, как правило, склоняются, если они являются славянскими или давно освоенными именами в русском языке. Но в случае городов-государств и названий греческих полисов предпочтительно не склонять по аналогии с другими названиями территориальных единиц, приведенных в «Словаре географических названий» А. В. Суперанской (2013).
В этом названии склоняется только первая часть: в Государственном казенном учреждении города Москвы «Центр организации дорожного движения Правительства Москвы».
В указанных местах необходимы запятые по правилу обособления несогласованных определений, относящихся к именам собственным и личным местоимениям (см. пункты 1 и 3 параграфа 18.1 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя). Обратите внимание, что в первом предложении пояснительный оборот нужно отделить с помощью тире, а не двоеточия, а в составе количественного числительного склоняются все части, включая сто: И вообще, мы с Денисом весим одинаково — девяносто килограммов. Только, с его почти двухметровым ростом, Деня кажется дрыщом, а я, со своими ста шестьюдесятью сантиметрами, выгляжу форменным колобком.
