Правильно: директора Дзюбы Андрея Ивановича, действующего. Правила см. в Письмовнике.
Да, ошибка есть. Запятую нужно поставить.
Да, эта фамилия обязательно должна склоняться: Кулеша Андрея, Кулешу Андрею и т. д.
Запятая нужна в обоих примерах.
См. в «Письмовнике».
Если есть техническая возможность, то можно писать в верхнем индексе. Так может быть оформлен логотип. Хотя, полагаем, вряд ли такое написание можно встретить в учредительных документах компании.
Мужская фамилия Полудень склоняется. Правильно: Андрею Полуденю.