В приведенном примере оборот с сочетанием но не более чем вводит присоединительную конструкцию, которая имеет «характер сведений добавочных, сообщаемых попутно, в дополнение к содержанию основного высказывания» (параграф 84 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина). Такие конструкции обособляются: Срок освоения субсидии может быть продлен по решению Министерства, но не более чем на 6 месяцев, в порядке, установленном Министерством.

Добавим, что в данном случае неприменимо правило об однородных членах предложения, поскольку здесь сочинительный союз но соединяет сказуемое (может быть продлен) и обстоятельство (не более чем на 6 месяцев).

Знаки препинания ставятся по общему правилу: если однородных членов предложения более двух, а союз повторяется перед каждым из них, кроме первого, то запятая ставится между всеми однородными членами. Верно: Он не мог сообразить, когда, и как, и за каким же чертом пришел в это место.

Именно этот пример приводится в справочнике Д. Э. Розенталя, и запятая объясняется так: «Согласованные определения являются однородными, если в условиях контекста, характеризуя предмет с разных сторон, объединяются каким-либо общим признаком (внешним видом, сходством производимого ими впечатления, отнесением к отдаленному общему понятию, причинно-следственной связью и т. д.)».

Слово пользование есть в русском литературном языке, но характерно скорее для деловой, канцелярской речи (ср.: пользование электроэнергией, разрешение на пользование оружием, взять землю в личное пользование, места общего пользования). Слово использование более нейтральное. Поэтому из двух приведенных Вами вариантов (верных с точки зрения грамматики) мы бы выбрали условия использования сайта.

Полагаем, что принадлежность обоих высказываний, соединенных союзом и, к формулам вежливости — достаточное условие для того, чтобы не ставить запятую, тем более что в конце таких формул ставится восклицательный знак, показывающий, что у высказываний еще и общая восклицательная интонация: До свидания и всего вам доброго!;  Извините за беспокойство и всего вам доброго!; Всего вам доброго и будьте здоровы!

Слово иначе в этом предложении неуместно: как наречие оно значит 'иным способом, иным образом, не так; по-иному, по-другому'. Рекомендуется заменить его на сочетание в ином случае или на более конкретное при наличии товара. Тогда предложение встроится в общий ряд предложений с начальным обстоятельством условия, не требующим отделения знаками препинания: При отсутствии товара снимите ценник. При наличии товара сканируйте штрихкод ценника. При отсутствии ценника выполните печать. 

Ваш вариант постановки знаков препинания соответствует правилам русской пунктуации. Правда, если первые две части разделены запятой, выражающей перечислительные отношения, получается, что последняя часть содержит следствие не только из второй (ты пришла), но и из первой части (без тебя душа болела), а это явно противоречит общему смыслу высказывания. Для более точного выражения смысла рекомендуется отделить первую часть точкой: Без тебя душа болела. Ты пришла — и всё прошло. 

Действительно, предлог про носит разговорный оттенок, поэтому в официально-деловой речи рекомендуется использовать предлог о.

У глагола предлагать (предложить) довольно широкий спектр значений. Поэтому обязательность исполнения зависит скорее от контекста, ситуации и источника сообщения (кто именно рекомендует и предлагает). Не зная этих нюансов, сравнить два глагола по этому признаку затруднительно.