Учитель посчитал такой перенос ошибкой на основании  учебника С. Г. Бархударова «Правила русской орфографии и пунктуации» (параграф 119, пункт 5).

Корректно: Военные моряки всегда приумножали славу флота нашей страны: в истории немало ярких примеров верности долгу, мужества, героизма, беззаветной преданности Отечеству. И сегодня моряки-балтийцы достойно продолжают традиции, успешно обеспечивая обороноспособность страны, защищая национальные интересы.

Слово родина не употребляется в формах множественного числа. В сочетании малая родина это слово, как правило, пишется со строчной буквы. Написание слова родина с прописной буквы используется при необходимости придать тексту высокое, торжественное стилистическое звучание. Вне этих стилистических задач следует предпочесть написание со строчной буквы. С учетом сказанного можно рекомендовать написание: большая и малая родина.

В непринужденном устном общении такие фразы встречаются. Несмотря на необычный порядок слов, часть что там как не перестает от этого быть придаточной частью, которую нужно выделить запятыми с двух сторон; при этом главная часть к придаточной, присоединенной союзом чтобы, находится, по всей видимости, в предтексте, сравним: Да, он туда ходил. Посмотреть, что там как, чтобы. Если текст предназначен для визуального восприятия (а не для актерского исполнения, например) и не требуется передать чью-то устную речь дословно, порядок слов в предложении лучше изменить, сделав более привычным, — так оно легче читается.

В словарях вариант молиться о чем-либо (например: молиться о здравии) указан как нормативный. Поэтому, если мать молилась, чтобы сын остался жив, предлог о использован верно.

Ваши оппоненты правы. Слова автора, стоящие после прямой речи или внутри прямой речи, в любом случае пишутся со строчной буквы. Точка после прямой речи, стоящей перед авторскими словами, не ставится, а вот многоточие (в том числе в сочетании с вопросительным или восклицательным знаком) возможно. Подробно о правилах пунктуации при прямой речи см. здесь.