Правильно слитное написание. В данном контексте отсутствуют основания для раздельного написания – логическое подчеркивание отрицания (оно сопровождается особой интонацией, при которой частица выделяется голосом), противопоставление. При этом прилагательное имеет утвердительное значение, которое усиливается частицей всё. 

Определительный оборот от природы умный, самостоятельный, относящийся к сочетанию русский генерал, имеет добавочное обстоятельственное значение причины и обособляется; внутри этого оборота запятая между определениями от природы умный и самостоятельный ставится потому, что они однородны.

Склонение мужской фамилии Маркатюк обязательно. Если фамилия оканчивается на согласный, ее происхождение не имеет значения: все мужские фамилии на согласный склоняются (кроме фамилий на -ых, -их), а все женские фамилии такого типа остаются несклоняемыми.

Определительный оборот ставший ненавистным здесь не имеет пояснительного характера по отношению к указательному местоимению тот и не требует запятой: В тот ставший ненавистным день она слишком уж долго не могла справиться с одним отчётом.

Согласно словарям русского языка, слово дом имеет форму множественного числа дома. Современные словари фиксируют в качестве нормативной только форму роддома́ (в отличие от более старых, где были указаны обе формы: роддома́ и роддо́мы).

Слово артишок склоняется без выпадения гласной О, а слово петушок - с выпадением гласной. Это связано с тем, что артишок является заимствованным словом, а в слове петушок суффикс ОК имеет древнерусский "аналог" - суффикс ЪК.

Оборот охваченный интригой обособляется только в том случае, если он имеет добавочное обстоятельственное значение: повторяет, охваченный интригой, мужчина (= повторяет, будучи охвачен интригой). Если таких дополнительных оттенков значения нет, запятые не нужны: повторяет охваченный интригой мужчина.

По основному правилу между частями сложносочиненного предложения ставится запятая. Поставить вместо этой запятой тире тоже можно, так как вторая часть предложения имеет значение следствия, результата.

Слово история лучше выделить запятыми, а не заключать в скобки.

К правописанию Ваш вопрос не имеет отношения. Правописание – это орфография (правила написания слов) и пунктуация (правила расстановки знаков препинания). Вопрос о том, где должен стоять значок доллара – до или после числа, – правилами правописания не регулируется.