Предлог согласно всегда требует формы дательного падежа, исключений нет. Род слова который должен соответствовать роду соответствующего существительного: слово документация женского рода, поэтому верно: согласно которой.
Первое предложение следует перестроить или разделить на два. Дело в том, что местоимение который указывает на ближайшее к нему существительное того же рода и в том же числе. Здесь таким ближайшим существительным является слово уровень (а по логике фразы это должно быть слово руководство).
Во втором случае верно: Не предоставлена проектная документация, согласно которой...
Верно: согласно письму.
Верно: согласно ГОСТу.
Нормативно: согласно приказу.
Правильно: согласно чему.
Правильно: согласно выписке.
Правильно: согласно генеральному плану развития.
Правильно: согласно договору.
Правильно: согласно договору.
