По общему правилу присоединительные конструкции обособляются: степень очистки сточных, в том числе дренажных, вод до нормативного уровня... Но вторая запятая может и отсутствовать, если присоединительная конструкция тесно связана по смыслу с последующей частью и при произношении не отделяется паузой. Окончательное решение принимает автор текста.
Верны два варианта: на автобусе, автобусом.
Верно: Ерунда не ерунда, но...
По правилам тире не нужно: между однородными сказуемыми, соединенными союзом и, знаки препинания не ставятся. Тире допустимо только как интонационный знак.
Омонимы – слова одной и той же части речи, имеющие одинаковое звучание, написание и грамматическое оформление, но разное значение. Если между значениями многозначного слова прослеживаются смысловые связи, основанные на разных типах переноса наименования, то у омонимов значения не связаны между собой, у них нет общих смысловых компонентов (в отличие от разных значений многозначного слова). Омонимы являются разными словами.
Второй вариант как обозначение маршрута предпочтителен.
Запятая нужна, таким образом выделяется пояснительный член предложения задолго до атомной войны между двумя видами.