Правильно: Вообще-то такое понятие, как черный пиар, существует давно.

Нормативными словарями современного русского языка эти слова не зафиксированы. Однако в академическом орфографическом словаре зафиксированы термины типа структу́рно-лингвисти́ческий, структу́рно-организацио́нный и т. п. Авторы словаря так комментируют свое решение:

структу́рно слитно/дефисно/раздельно:

1) пишется через дефис как первая часть сложных прилагательных с суфф., несмотря на подчинительное отношение основ, в сочетании со второй частью – относительным прилагательным, напр.: структурно-аналитический, структурно-организационный, структурно-типологический, структурно-функциональный § 51;

2) пишется раздельно в сочетании со второй частью – качественным прилагательным, напр.: структурно неустойчивый, структурно устойчивый, структурно сходный § 51;

3) пишется раздельно с прилагательным-причастием, напр.: структурно детерминированный, структурно оформленный, структурно расчлененный, структурно связанный, структурно упорядоченный § 51.  

Поэтому, хотя в соответствии с правилом сложные прилагательные, образованные из основ слов, отношение между которыми носит подчинительный характер, пишутся слитно (железнодорожный — от железная дорога, *контрактносубординированный — от контрактная субординация), рекомендуем дефисное написание контрактно-субординированный и структурно-субординированный.

Оба слова можно употреблять.

О знаках препинания при оборотах с союзом в том числе см. в «Справочнике по пунктуации». Обратите внимание: в Вашем предложении союз неуместен, так как не указано обобщающее понятие для частных понятий, упоминаемых после в том числе. Сравним: Государственная регистрация нормативного правового акта Минюстом России включает в себя различные виды экспертизы нормативного правового акта, в том числе правовую и антикоррупционную.

См. также ответ на вопрос 308092.

Правильно раздельное написание: Тем, кто дружен, не страшны тревоги. Обратите внимание: «синонимичное выражение», которое Вы называете, тоже содержит слово «не», подобрать синоним без «не» не получается. Это говорит о том, что здесь не создается новое понятие, здесь акцент на отрицании (отрицании страха). Ученикам можно так и объяснить: пишем раздельно, потому что перед нами отрицание признака, а не утверждение нового понятия.

С точки зрения орфографии разное написание передаст разный смысл:

Она была не умна, а хитра — здесь одно понятие (умна) отрицается, а другое (хитра) вводится. Смысл высказывания в том, что ее правильнее называть не умной, а хитрой (например, как возражение кому-либо, кто считает ее умной).

Она была неумна, а хитра — при таком написании утверждаются оба понятия. Появится совсем другой смысл: она была глупой, но при этом хитрой. Но совместимы ли глупость и хитрость?

Да, запятую нужно поставить.

Кавычки не нужны.