Литературная норма: договОр, договОры. Впрочем, некоторые словари уже признают допустимым (но только в непринужденной устной речи!) вариант дОговор, договорА.
Правильно: заключить договор... и дополнительное соглашение.
Да, запятую поставить нужно, иначе сочетание от ..... №... будет относиться к существительному имущество, а не к существительному договор. Нужно закрыть причастный оборот составляющим имущество государственной казны.
Верно: Индивидуальный предприниматель Сидорова Ольга Ивановна, именуемый в дальнейшем «Заказчик»... (и вторая сторона договора) заключили настоящий договор...
Если нет противопоставления или зависимых слов, то правильно слитное написание.
Правильно:
В части, не измененной настоящим Дополнительным соглашением, Договор считается действующим в прежней редакции.