Выделение корня в слове подвергнуть зависит от научного подхода к свободным и связанным корням.

Свободными называются корни, которые могут употребляться без сопровождения словообразовательных аффиксов. Свободные корни совпадают с непроизводной основой слова. Например, свободными являются корни окн-, бег-, прав-; они встречаются как в сопровождении аффиксов в составе производных основ (подоконник, побег, направо), так и сами по себе в составе непроизводной основы (окно, бег, правый).

Корни, которые не могут употребляться без сопровождения словообразовательных аффиксов, называются связанными. Например, связанными являются корни ул-, изол-, слад-; они встречаются только в сочетании со словообразовательными аффиксами (уличный, улица, переулок; изоляция, изолировать, изоляционный; сладость, сладкий, услада).

В слове подвергнуть корень является связанным. А. Н. Тихонов считает слова со связанными корнями непроизводными, так как они, в отличие от свободных корней, не имеют производящих, несмотря на наличие словообразовательных аффиксов. Соответственно, по А. Н. Тихонову, слово подвергнуть является непроизводным и имеет корень подверг-.

Возможность вычленения связанных корней была обоснована Е. А. Земской, по мнению которой связанный корень выделяется в тех случаях, когда слово с таким корнем входит в двойные ряды соотношений: в ряд слов с тем же корнем и в ряд слов с тем же аффиксом. Если пользоваться этим критерием, в слове подвергнуть вычленяется корень верг-.

В обоих случаях должно писаться О: корябать, накорябать. Это однокоренные слова (глаголы, образующие видовую пару), они должны писаться единообразно. К сожалению, в "Толково-словообразовательном словаре" Т. Ф. Ефремовой эта норма нарушается.

Вы правы, это омонимичные корни.

Право на существование имеют оба слова - и неоязычество, и неопаганизм. В русском языке слова с корнями из разных языков (такие, как светофор) представлены в меньшей степени, чем слова с корнями из одного языка, однако такие слова все же существуют.

Ваш вариант переноса корректен. В правилах рекомендуется учитывать только границы приставки и последующей части слова. Так, нежелателен (хотя и допустим) перенос: разб-росать, пос-тричь. 

Это правило действует для безударного корня -лаг- – -лож-. В слове ублажить совсем другой корень (-блаж-).

Верно писать с частицей ни: Как бы ни старался.

Мягкий знак как таковой не означает звука. Поскольку он обозначает мягкость предшествующего согласного, то и относится к той же морфеме, что и согласный. В данном случае - к корню.